バイオインフォマティクス入門コース

理論分子生物学（京都大学理学部）講義資料

1. ゲノム解析とポストゲノム解析
   （参考資料）ヒューマンゲノム計画とニューバイオフィジックス

2. データベース技術とインターネット
   （参考資料）ゲノムネットのデータベースサービス概要

3. 分子生物学データベース
   （課題1）データベース検索（DBGET/LinkDB, PubMed）
   （課題2）タンパク質立体構造グラフィックス（RasMol, Chime）

4. 配列アライメントとホモロジー検索
   （課題3）ホモロジー検索（FASTA, BLAST）
   （課題4）マルチプルアライメント（CLUSTALW）
   （資料）式一覧

5. 構造予測と機能予測
   （課題5）モチーフ検索（MOTIF, PFAM）
   （課題6）タンパク質二次構造予測、膜貫通部位予測（nnpredict, SOSUI）
   （課題7）タンパク質立体構造分類（SCOP, CATH）

6. ネットワーク比較とパス計算
   （課題8）パスウェイ解析（KEGG）
   （課題9）ゲノム比較解析（KEGG）
   （課題10）反応経路計算（KEGG）

問題集

• 講義レポート問題（2000〜1993）
• 大学院入試問題（PDF）
  2001 | 2000 | 1999 | 1998 | 1997 | 1996 | 1995 | 1994 | 1993 | 1992 | 1991 | 1990 | 1989 | 1988 | 1987

ゲノムネット利用法

• ゲノムネット（bit 1999年8月号）
• ゲノムネットサービス利用案内
• Summary of GenomeNet Services

参考図書

• 金久　實：「ゲノム情報への招待」共立出版（第2版は「ポストゲノム情報への招待」として、2001年5月発売予定）
• M. Kanehisa, "Post-genome Informatics", Oxford University Press
• 日本生物物理学会：シリーズ・ニューバイオフィジクス　第11巻「ヒューマンゲノム計画」（金久　實　編）共立出版
• 高木利久、金久　實　編：「ゲノムネットのデータベース利用法（第2版）」共立出版

チュートリアル

• ゲノムと遺伝子 − コンピュータの中の生物を見よう
• 生物学と物理学 − 新しいゲノム情報科学をめざして
• ポストゲノム時代のバイオインフォマティクス

原著論文リスト

• Methods in Computational Molecular Biology