課題3.ホモロジ─検索(FASTA, BLAST)
ヒトのアポトーシス関連遺伝子 BCL2 のアミノ酸配列をもとに、FASTA および BLAST プログラムでホモロジ─検索を行い、進化的・機能的関連を調べる。
手順
DBGET
からアミノ酸配列データベース
SwissProt
を選択して、キーワード検索(bfind mode で bcl2 と入力)を行い、ヒットしたエントリーのリストからヒトの配列を選択する。
または、課題1ですでにエントリー名がわかっているので、bget mode でエントリー名(BCL2_HUMAN)を直接入力してもよい。
選択したエントリーの配列データの上にある
SQ
リンクをクリックして、fasta 形式の配列を取得する。
ブラウザの別ウィンドウを開き、ゲノムネットの
ホームページ
から
FASTA
ボタンをクリックして、FASTA 検索ページを開く。
配列データを最初のウィンドウからコピーして、FASTA 検索検索ページのボックスにペーストする。
検索対象のデータベースを選んで(例:nr-aa)から、
Exec
ボタンを押して実行する。
BLAST
も同様にコピー・アンド・ペーストをして実行できるが、もっと簡単には SwssProt のエントリーの上にある
LinkDB
ボタンを押し、BLAST を選択すればよい(ただし、検索対象データベースは nr-aa のみ)。
URL のリスト
FASTA
GenomeNet:
http://fasta.genome.ad.jp/
BLAST
GenomeNet:
http://blast.genome.ad.jp/
NCBI:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
バイオインフォマティクス入門コース
Last updated: June 19, 2000