課題5.モチーフ検索(MOTIF, Pfam)
ヒトのアポトーシス関連遺伝子 BCL2 のアミノ酸配列中にどんなモチーフがあるか、MOTIF および Pfam で検索する。
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手順:MOTIF
- DBGET でアミノ酸配列データベース SwissProt ヒトの BCL-2 遺伝子(BCL2_HUMAN)を取得する。
- SQ リンクをクリックして、fasta フォーマットのアミノ酸配列を取得する。
- ブラウザの別ウィンドウを開き、ゲノムネットのホームページから MOTIF ボタンをクリックして、MOTIF 検索ページを開く。
- 取得したアミノ酸配列をコピー&ペーストする。
- モチーフライブラリーは PROSITE PATTERN を選び、Start Search を押して実行する。
- 検索結果に関連した立体構造があれば、RasMol でモチーフの立体構造上の位置を調べる。
手順:Pfam
- 上記と同様に fasta フォーマットのアミノ酸配列を取得する。
- ブラウザの別ウィンドウにPfam の PROTEIN HMM SEARCH を開く。
- 取得したアミノ酸配列をコピー&ペーストする。
- Submit Query ボタンを押して実行する。
- グラフィック表示のドメインをクリックすると、Pfam エントリーが開く。
- Retrieve alignment ボタンを押すと、Pfam に登録されているマルチプルアライメントが表示される。
- Java が使える場合、 What format: メニューで Jalview Java Viewer を選択して、Retrieve alignment ボタンを押すと、Java によるアライメント編集ツールでマルチプルアライメンとが表示される。
URL のリスト
MOTIF
http://motif.genome.ad.jp/
PROSITE - Protein families and domains
http://www.expasy.ch/prosite/
Pfam - Protein domains and HMMs
http://pfam.wustl.edu/
バイオインフォマティクス入門コース
Last updated: June 19, 2000