課題8.パスウエイ解析(KEGG)
1.立体構造が類似の酵素が代謝パスウェイ上で近接している例を探す。
2.ゲノム上で近接した遺伝子群が代謝パスウェイ上でも近接している例を探す。
手順1:類似立体構造と代謝パスウェイの関連解析
KEGG
の Molecular Catalog から
Enzyme classification by SCOP 3D-folds
を選ぶ。
これも階層型テキストであるので、3.
Alpha and beta (a/b)
をクリックして第2階層を開く。
その中から、3.1
beta/alpha (TIM)-barrel
をクリックして第3階層を開く。
この状態で、このページの上の方にある Pathway Search by [
EC
をクリックする。
パスウェイ検索の画面になるので、検索対象
Search against
を 3D structures in PDB にして実行する。
結果の中からパスウェイを選び(例:pdb00400)、立体構造が類似な酵素の遺伝子がパスウェイ上で近傍に存在する例を探す。
手順2:オペロン構造と代謝パスウェイの関連解析
KEGG
の
ゲノムマップブラウザ
から生物種(例:Escherichia coli)を選び、
KEGG
と書かれた部分をクリックする。
遺伝子名検索のボックス
Locate Gene ID
に適当な遺伝子名(例:b1260)を入れ、リターンを押して実行する。
拡大ウィンドウにこの遺伝子を含む領域が表示されるので、
Pathway
ボタンをクリックして、これらの遺伝子がでてくるパスウェイを検索する。
結果の中からパスウェイを選び(例:eco00400)、ゲノム上で一連の遺伝子がパスウェイ上でも近傍に存在する例を探す。
大腸菌の場合このようなオペロン情報はテーブル化されているので、
KEGG
の遺伝子カタログで、Escherichia coli の行で KEGG の下の
Operons
をクリックする。
このテーブルは階層的になっているので、5.
Amino Acid Metabolism
を選んで第2階層を開く。
その中から、5.24
trp
をクリックして第3階層を開く。
この状態で、このページの上の方にある Pathway Search by [
EC
をクリックする。
パスウェイ検索の画面になるので、検索対象
Search against
を Escherichia coli にして実行する。
結果の中からパスウェイを選び(例:eco00400)、ゲノム上で一連の遺伝子がパスウェイ上でも近傍に存在する例を探す。
URL のリスト
KEGG 目次
http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html
SCOP - SCOP のオリジナルサイト
http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/
バイオインフォマティクス入門コース
Last updated: June 19, 2000